Omixon Holotype HLA CE Bekannte Produkteinschränkungen Version 1 Published on 09/22/2017
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1 Revisions- und Änderungshistorie Version
Zusammenfassung der Änderungen
v1
Sammlung algorithmischer Limitierungen. Dokument mit Dokument zur Holotype HLA-spezifischen Einschränkung zusammengeführt.
2 Holotype HLA-specific ambiguities TABELLE 1: Ambiguitäten im zweiten/dritten Feld Ambigue Allelkombinationen
Expressionsrelevant
Ursache der Ambiguität (Genabschnitt, IMGT-Pos.)
2 FeldDifferenz
DPB1*107:01
DPB1*13:01:0 1
NEIN
SNP A/G (exon 1, pos 24) SNP C/T (exon 1, pos 47)
JA
DQB1*06:01:01
DQB1*06:01:1 51
NEIN
SNP A/G(exon 1,pos 66)
NEIN
DRB1*12:01:01
DRB1*12:10
NEIN
SNP A/G(exon 1,pos 40)
JA
Richtlinien für die Auswertung: Als Ambiguität melden. 1 Diese Ambiguität wird aufgelöst, wenn DQB1 Primer Set 1 verwendet werden.
TABELLE 2: Expressionsrelevante Ambiguitäten (Allele ohne/mit geringer Expression) Ambigue Allelkombinationen
Expressions -relevant
Ursache der Ambiguität (Genabschnitt, IMGT-Pos.)
2 FeldDifferenz
A*02:01:01:01
A*02:01:01: 02L
JA
SNP C/T (5'UTR, pos-101)
NEIN
B*39:01:01:01
B*39:01:01: 02L
JA
INS TC (UTR 1, pos -151) SNP T/C (intron 5, pos 2407)
NEIN
DRB4*01:01:0 1:01
DRB4*03:01 N
JA
DEL des gesamten EXON 2, keine SNPUnterschiede in Exon 3 und Mangel an Sequenzinformationen in anderen Regionen von DRB4*03:01N
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JA
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DRB4*02:01N
DRB4*03:01 N
NEIN
DEL des gesamten EXON 2, keine SNPUnterschiede in Exon 3 und Mangel an Sequenzinformationen in anderen Regionen von DRB4*03:01N
JA
Richtlinien für die Auswertung: Allele mit geringer Expression werden als 2-Feld-Ergebnis gemeldet.
TABELLE 3: Cis/Trans-Ambiguitäten (NGS-spezifisch aufgrund der Technologie und der Limitierung der IMGTDatenbank) Ambigue Allelkombinationen
Expressions -relevant
Ursache der Ambiguität (Genabschnitt, IMGT-Pos.)
2 FeldDifferenz
DPB1*02:01:0 2G+ 03:01:01G (104:01)
DPB1*124:0 1+ 414:01
NEIN
Phasenunterbrechung zwischen EXON 2 A/G (4882) und EXON 3 A/G (8930)
JA
DPB1*03:01:0 1G+ 04:01:01G
DPB1*124:0 1+ 350:01
NEIN
Phasenunterbrechung zwischen EXON 2 A/G (4882) und EXON 3 A/G (8930)
JA
DPB1*03:01:0 1G+ 04:02:01G
DPB1*351:0 1+ 463:01
NEIN
Phasenunterbrechung zwischen EXON 2 A/G (4882) und EXON 3 A/G (8930)
JA
DPB1*03:01:0 1G+ 05:01:01G
DPB1*135:0 1+ 104:01
NEIN
Phasenunterbrechung zwischen EXON 2 A/G (4851) und EXON 4 A/G (9803)
JA
DPB1*04:01:0 1G+ 13:01:01/107: 01
DPB1*133:0 1+ 350:01
NEIN
DPB1*107:01 SNP G/A (Exon 1, Pos. 24) und SNP C/T (Exon 1, Pos. 47);
JA
DPB1*13:01:0 1
DPB1*107:0 1
NEIN
DPB1*107:01 SNP G/A (Exon 1, Pos. 24) und SNP C/T (Exon 1, Pos. 47);
JA
DPB1*04:02:0 1:02
DPB1*416:0 1
NEIN
SNP A/G (exon 2, pos 4728)
JA
Phasenunterbrechung zwischen EXON 2 A/G (4882) und EXON 3 A/G (8930)
Richtlinien für die Auswertung : Das jeweilige Labor kann entscheiden, ob die Ambiguität mittels G-Gruppen gemeldet wird oder ob die einzelnen ambiguen Allelkombinationen gemeldet werden.
TABELLE 4 : Allele, die eine geringe Amplifikation aufweisen können
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Geringe Amplifikation bedeutet, dass der erzeugte read count eines Allels für eine Genotypisierung nicht ausreichend ist. In extremen Fällen wird das Allel überhaupt nicht erfasst (Dropout). Allele mit geringer Amplifkation
Kompensation in HLA Twin
Erkennungsauflösung
HLA-B*51:01:02
JA
JA
HLA-DQB1*03
JA
JA1
HLA-DRB4*01:01:01:01
JA
JA2
1
Vermutung basiert auf Kopplungsungleichgewichten mit DQA1
2
Vermutung basiert auf Kopplungsungleichgewichten mit DRB1
3 Liste bekannter Limitierungen für Omixon HLA Twin 2.1.3 – IMGT/ HLA 3.28.0_4 3.1 Einleitung Alle unten aufgeführten Limitierungen außer dem Abschnitt „Falsche Angabe neue Sequenzvarianten“ basierten auf von Holotype HLA-Kunden gemachten Beobachtungen oder wurden während interner Validierungs- und Regressionstests festgestellt. Der Abschnitt „Falsche Angabe neue Sequenzvarianten“ basiert auf den Ergebnissen der Omixon-Leistungsbewertungsstudie, die mehr homozygote Zelllinien, mehr seltene oder anders problematische Loci im Vergleich zur Normalbevölkerung beinhaltet. Diese Beobachtungen wurden vor Ende des Jahres 2016 an mehr als 40.000 Proben der weltweit verkauften Holotype HLA-Kits gemacht.
HLA-DRB1*12:01 Ambiguität nicht erfasst Es wurden drei Fälle beobachtet, bei denen HLA-DRB1*12:01 nicht als Ambiguität neben HLA-DRB1*12:10 gemeldet wurde. Von Twin generiertes Ergebnis
Korrektes Ergebnis
Sequenzierungschemie
Anzahl der Fälle
DRB1*12:10
DRB1*12:10/ DRB1*12:01:01:01
2x150
2
DRB1*12:10
DRB1*12:10/ DRB1*12:01:01:01
2x250
1
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3.2 Falsche HLA-B*15:01 Zuordnung Es wurden zwei Fälle beobachtet, bei denen HLA-B*15:01:01:02N anstelle von HLA-B*15:01 zugeordnet wurde. Von Twin generiertes Ergebnis
Korrektes Ergebnis
Sequenzierungschemie
Anzahl der Fälle
B*15:01:01:02N
B*15:01:01:01 - neu
2x250
1
B*15:01:01:02N
B*15:01:01:01
2x250
1
3.3 Neue, lange Insertion nicht erfasst Es wurde ein einzelner Fall beobachtet, bei dem eine 15 Nukleotide lange, neue Insertion nicht erfasst wurde. Von Twin generiertes Ergebnis
Anzahl gemeldeter Exon-Mismatche
C*03:04:01:01/ C*03:04:01:02
0
Korrektes Ergebnis
Anzahl an ExonMismatchen
C*03:04:01:01 neu
Sequenzierun gs-chemie
1
2x150
3.4 Falsche Angabe neue Sequenzvarianten HLA Twin kann gelegentlich falsche neue Sequenzvarianten an den End-User melden. Von 616 analysierten Proben (8624 Allelzuordnungen) der Omixon-Leistungsbewertungsstudie wurden 31 neue Sequenzvarianten gemeldet (0,375 % aller Allelzuordnungen). Beachten Sie, dass die Leistungsbewertungsstudie Referenzzelllinien und mehr homozygote Zelllinien, mehr seltene oder anders problematische Loci im Vergleich zur Normalbevölkerung beinhaltet. Von diesen erwarteten neuen Sequenzvarianten wurde bei 15 davon ausgegangen, dass sie falsch sind und das Ergebnis auf Softwareprobleme aufgrund manueller Auswertungen zurückzuführen ist. Loci mit offensichtlichen Qualitätsmängeln (insbesondere hohes Ungleichgewicht) wurden aus der Liste ausgeschlossen, da sie nicht als rein auf Algorithmen bezogene Einschränkungen angesehen werden. Beachten Sie, dass der größte Teil dieser falsch neuen Sequenzvarianten durch manuelle Prüfung der Ergebnisse durch einen erfahrenen User in Omixon HLA Twin eliminiert werden können. Die beobachteten falsch neuen Sequenzvarianten sind in folgender Tabelle zusammengefasst: Von Twin generiertes Ergebnis
A*68:01:02:02#1
Korrektes Ergebnis
A*68:01:02
War das erwartete Ergebnis homozygot?
Sequenzierun gschemie
Anzahl beobachte ter Fälle
% Allelzuordn ungen
NEIN
2x250
1
0.012%
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Von Twin generiertes Ergebnis
Korrektes Ergebnis
War das erwartete Ergebnis homozygot?
Sequenzierun gschemie
Anzahl beobachte ter Fälle
% Allelzuordn ungen
B*35:01:01:01#1
B*35:01
JA
2x250
1
0.012%
B*53:01:01#1
B*53:01
JA
2x250
1
0.012%
DQB1*03:01:01:03#1
DQB1*03:01
JA
2x250
1
0.012%
DRB1*04:22#1
DRB1*04:07
NEIN
2x250
1
0.012%
DRB1*13:02:01#1
DRB1*13:02
JA
2x250
3
0.036%
DRB1*11:01:01:01#1
DRB1*11:01
JA
2x250 2x150
1 1
0.024%
DRB1*04:04:01#1
DRB1*04:04
NEIN
2x250
1
0.012%
DRB1*04:26#1
DRB1*04:26
NEIN
2x250
1
0.012%
DRB1*04:05:01#1
DRB1*04:05
NEIN
2x250
1
0.012%
DRB1*16:01:01#1
DRB1*16:01:0 1
JA
2x250
1
0.012%
DRB1*16:02:01:02#1
DRB1*16:02:0 1
JA
2x250
1
0.012%
3.5 Falsches Phasing Es wurden drei Fälle beobachtet, bei denen ein nicht korrektes Phasing der Konsenssequenz erfolgte. Von Twin generiertes Ergebnis
Korrektes Ergebnis
Sequenzierungschemie
Anzahl der Fälle
A*03:72+A*24:104
A*24:02+ A*03:01
2x250
1
B*40:32+B*56:25#1
B*07:02+B*50:01
2x150
1
DQA1*05:01:01:02#1+ DQA1*05:05:01:03#1
DQA1*05:01+ DQA1*05:05
2x150
1
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